Es bestehen 3 Arbeitskreise in der AFEMA.
Die Arbeitskreise berufen bei Bedarf Expertengruppen ein, die sich dann mit den jeweiligen Fachthemen auseinandersetzen.
Vom Arbeitskreis "Qualitätsuntersuchung in Rohmilch" ist die "Expertengruppe für Qualitätssicherung/Qualitätsmanagement" aktiv.